Die Auswahl der Preisträger*innen erfolgt durch ständige Kommissionen am Institut für Chemie und Biochemie sowie am Fachbereich Physik an der Freien Universität Berlin, ergänzt um Professor*innen anderer Hochschulen, wobei Vorschläge von Fachkolleg*innen im In- und Ausland sowie wissenschaftliche Gutachten internationaler Spitzenforscher*innen in die Entscheidungsfindung einbezogen werden. Eigenbewerbungen werden nicht berücksichtigt.

Das Vermächtnis des ursprünglichen Stifters Otto Klung schreibt eine Vergabe an deutsche Wissenschaftler*innen vor, die zur Zeit der Preisverleihung das 40. Lebensjahr noch nicht überschritten haben sollten.

Die Entscheidung über den Auswahlvorschlag treffen die Otto-Klung-Stiftung und die
Dr. Wilhelmy-Stiftung.

Kommission für Chemie:	Kommission für Physik:
Prof. Dr. Sebastian Hasenstab-Riedel, FU Berlin (Vorsitz)	Prof. Dr. Piet Brouwer, FU Berlin (Vorsitz)
Prof. Dr. Mathias Christmann, FU Berlin	Prof. Dr. Robert Bittl, FU Berlin
Prof. Dr. Rainer Haag, FU Berlin	Prof. Dr. Andreas Buchleitner, Albrecht-Ludwigs-Universität Freiburg
Prof. Dr. Stefan Hecht, PhD DWI Aachen (Preisträger 2010)	Prof. Dr. Dr. h.c. Wolfgang Eberhardt, Helmholtz-Zentrum Berlin
Prof. Dr. Beate Paulus, FU Berlin	Prof. Dr. Katharina J. Franke, FU Berlin
Prof. Dr. Markus Wahl, FU Berlin	Prof. Dr. Ingolf Hertel, Max-Born-Institut Berlin
Prof. Dr. Eckart Rühl, (Ehrenmitglied) FU Berlin	Prof. Dr. Roland Netz, FU Berlin
	Prof. Dr. Hermann Nicolai, MPI für Gravitationsphysik (Preisträger 1991)
	Prof. Dr. Felix von Oppen, FU Berlin
	Prof. Dr. Martin Wolf, Fritz-Haber-Institut der MPG
	Prof. Dr. Karl-Heinz Bennemann, (Ehrenmitglied) FU Berlin
	Prof. Dr. Dr. h.c. Günter Kaindl, (Ehrenmitglied) FU Berlin